Attirati da lugubri grida e strane leggende, i Giovani Detective decidono di esplorare una vecchia villa abbandonata, convinti che sia infestata dai fantasmi. L'atmosfera si fa rapidamente inquietante quando Genta e Mitsuhiko spariscono nel nulla tra i corridoi bui della casa. Conan, rimasto solo con Ayumi, inizia a sospettare che dietro i presunti fenomeni paranormali si nasconda in realtà una presenza umana molto più pericolosa. Indagando tra le ombre dell'edificio, il piccolo detective scoprirà un terribile segreto familiare custodito tra quelle mura da anni, rendendosi conto che la casa non è affatto disabitata come tutti credevano.